cassionAnalyse de données

Retour à la leçonLeçon 1 sur 8Mesurer un enfant

Les quatre mesures, et à quoi sert chacune

Le même diaporama que les téléchargements, rendu sous forme de page. Lancez le diaporama pour le présenter en plein écran — les flèches ou un clic avancent d'une diapositive, Échap quitte.

Diapositives · PDFDiapositives · PowerPoint

  1. Diapositive 1 / 18

    Ce que couvre cette leçon

    • Quatre choses, mesurées sur un enfant
    • Longueur ou taille, et les 0,7 cm qui ne sont pas un arrondi
    • Le PB, et pourquoi on l'emploie
    • La précision décide de ce qu'une mesure peut soutenir
    • Lisez la distribution avant tout calcul
    • Ce qu'un analyste nutrition vérifie d'abord
    • La suite
    Notes du présentateur
    Poids, longueur ou taille, PB et œdèmes. Chacune répond à une question différente, chacune a une précision qui décide de ce qu'elle peut soutenir, et celle qui n'est pas du tout une mesure est celle qui prime sur les autres.
  2. Diapositive 2 / 18

    Quatre choses, mesurées sur un enfant

    MesureUnitéPrécisionCe à quoi elle est sensible
    Poidskg0,1 kgDéficit aigu — il chute vite et se récupère vite
    Longueur / taillecm0,1 cmDéficit chronique — il s'accumule et ne se récupère pas
    PBmm1 mmDéficit aigu, et le risque de mortalité plus directement que le poids
    Œdèmesprésents / absents—Pas une mesure ; un signe clinique, et il prime
    Notes du présentateur
    Tout ce cours repose sur quatre observations, et un analyste qui ignore comment chacune est prise les lira toutes de travers.
  3. Diapositive 3 / 18

    Quatre choses, mesurées sur un enfant

    • Le poids bouge, la taille non — Un enfant qui a eu faim deux mois est plus léger qu'un enfant de même taille qui n'a…
    • Les œdèmes ne sont pas sur une échelle — C'est un signe clinique — œdèmes bilatéraux prenant le godet, vérifiés en…
    Notes du présentateur
    Deux de ces lignes méritent qu'on s'y arrête, car elles expliquent l'essentiel de ce qui suit. Le poids bouge, la taille non. Un enfant qui a eu faim deux mois est plus léger qu'un enfant de même taille qui n'a pas eu faim, et il reprendra ce poids en quelques semaines s'il est nourri. Un enfant qui a eu faim deux ans est plus petit, et il ne rattrapera pas cette taille. Ce seul fait explique pourquoi le secteur distingue l'émaciation du retard de croissance et pourquoi les deux exigent des indicateurs et des programmes différents. Les œdèmes ne sont pas sur une échelle. C'est un signe clinique — œdèmes bilatéraux prenant le godet, vérifiés en pressant les deux pieds trois secondes — et un enfant qui en présente est en malnutrition aiguë sévère quels que soient son poids et son périmètre brachial. Toute définition de cas de l'unité suivante porte une clause d'œdème, et toute analyse qui calcule la MAS comme « le décompte sous le seuil de score z » est fausse d'autant d'enfants œdémateux que le registre en contient.
  4. Diapositive 4 / 18

    Longueur ou taille, et les 0,7 cm qui ne sont pas un arrondi

    • Sous 24 mois, employez la norme de longueur, et si l'enfant a été mesuré debout, ajoutez 0,7 cm avant la…
    • À 24 mois et plus, employez la norme de taille, et si l'enfant a été mesuré couché, retranchez 0,7 cm.
    Notes du présentateur
    Les enfants de moins de 24 mois sont mesurés couchés — c'est la longueur. Ceux de 24 mois et plus sont mesurés debout — c'est la taille. Le même enfant mesure environ 0,7 cm de plus couché que debout, car la colonne se décomprime. Les normes de l'OMS sont publiées pour les deux, et la règle est la suivante.
  5. Diapositive 5 / 18

    Longueur ou taille, et les 0,7 cm qui ne sont pas un arrondi — En Python

    import pandas as pd
    
    smart = pd.read_csv("smart-nutrition-survey-2024.v1.csv")
    print(smart["measured_lying"].value_counts())
  6. Diapositive 6 / 18

    Longueur ou taille, et les 0,7 cm qui ne sont pas un arrondi — En R

    library(dplyr)
    smart |> count(measured_lying)
    Notes du présentateur
    752 mesurés couchés, 178 debout. Le registre enregistre la position, ce qui rend l'ajustement possible — et un registre qui ne l'enregistre pas est un registre dont les scores z portent une erreur non quantifiable pour chaque enfant mesuré dans la position non standard. Inversez le signe et vous biaisez la moitié la plus jeune de l'enquête. Le laboratoire du cours sur les jointures vous l'a déjà fait faire ; voici pourquoi cela compte cliniquement.
  7. Diapositive 7 / 18

    Le PB, et pourquoi on l'emploie

    • Il exige une mesure, pas deux. Un agent de santé communautaire muni d'un ruban peut dépister un village ; un…
    • Il prédit la mortalité au moins aussi bien. À âge donné, un bras petit prédit fortement le décès, et dans plusieurs…
    • Il n'exige aucun âge. Ce qui compte énormément dans les populations sans actes de naissance, où l'âge dont un score…
    Notes du présentateur
    Le PB est un ruban autour du bras, lu au millimètre, et il paraît fruste à côté d'un score z calculé à partir de deux instruments étalonnés. On l'emploie pour trois raisons qui décident ensemble de la plupart des programmes communautaires. Le coût fait l'objet de la leçon 4 — le PB croît avec l'âge indépendamment de l'état nutritionnel, si bien qu'un seuil fixe trouve des enfants différents selon l'âge.
  8. Diapositive 8 / 18

    La précision décide de ce qu'une mesure peut soutenir — En Python

    muac = pd.read_csv("muac-screening-artibonite-2024.v1.csv")
    values = muac.loc[muac["muac_mm"].notna(), "muac_mm"]
    
    near_cutoff = values.between(123, 127).sum()
    print(f"{near_cutoff} of {len(values)} children within 2 mm of the 125 mm cut-off")
  9. Diapositive 9 / 18

    La précision décide de ce qu'une mesure peut soutenir — En R

    muac |>
      filter(!is.na(muac_mm)) |>
      summarise(near = sum(between(muac_mm, 123, 127)), n = n())
  10. Diapositive 10 / 18

    La précision décide de ce qu'une mesure peut soutenir

    • Ne rapportez jamais un taux fondé sur le PB à deux décimales. La mesure ne le soutient pas.
    • Attendez-vous à un amoncellement au seuil dans les données de programme. Un agent qui lit 114 et sait que 115 est…
    Notes du présentateur
    Le PB se lit au millimètre et deux agents formés obtiennent couramment des mesures répétées différant de 2 à 3 mm. Tout enfant situé à environ 3 mm d'un seuil est donc un enfant dont la classification dépend de qui tenait le ruban. Cela ne rend pas le seuil faux — un seuil doit bien être quelque part — mais cela a deux conséquences qu'un analyste doit porter. Le même argument vaut pour le poids au 0,1 kg et la taille au 0,1 cm, et la leçon 5 en fait un contrôle formel.
  11. Diapositive 11 / 18

    Lisez la distribution avant tout calcul — En Python

    cmam = pd.read_csv("cmam-admissions-2024.v1.csv")
    
    print(cmam[["muac_admission_mm", "weight_admission_kg", "height_cm"]].describe().round(1))
    print(f"height missing: {cmam['height_cm'].isna().sum()} of {len(cmam)}")
  12. Diapositive 12 / 18

    Lisez la distribution avant tout calcul — En R

    cmam <- readr::read_csv("cmam-admissions-2024.v1.csv")
    
    summary(select(cmam, muac_admission_mm, weight_admission_kg, height_cm))
    sum(is.na(cmam$height_cm))
    Notes du présentateur
    Soixante-douze des 1 100 admissions n'ont pas de taille. Ce n'est pas une gêne de qualité à nettoyer — c'est la raison pour laquelle le poids-pour-taille est incalculable pour ces enfants alors que le PB l'est, et donc la raison pour laquelle toute comparaison des deux critères a deux dénominateurs différents. La leçon 4 est bâtie exactement là-dessus.
  13. Diapositive 13 / 18

    Ce qu'un analyste nutrition vérifie d'abord

    • La position est-elle enregistrée ? Sans measured_lying, l'ajustement de 0,7 cm est une supposition.
    • L'âge est-il présent, et comment a-t-il été obtenu ? Un score z exige l'âge ; une distribution d'âges attirée par…
    • Les œdèmes sont-ils un champ distinct ? S'ils sont fondus dans un indicateur général de « complications », le…
    • Les unités. PB en mm ou en cm, poids en kg, taille en cm. Le cours de nettoyage a trouvé sept saisies en…
    • Les plages plausibles. PB 80-220 mm, poids 2-30 kg, taille 45-125 cm pour 6-59 mois. Au-delà, c'est une erreur de…
    Notes du présentateur
    Cinq contrôles, dans l'ordre, avant tout indicateur.
  14. Diapositive 14 / 18

    Ce qu'un analyste nutrition vérifie d'abord — En Python

    implausible = cmam[
        ~cmam["muac_admission_mm"].between(80, 220)
        | ~cmam["weight_admission_kg"].between(2, 30)
        | ~cmam["height_cm"].between(45, 125).fillna(True)
    ]
    print(f"{len(implausible)} admissions outside plausible ranges")
  15. Diapositive 15 / 18

    Ce qu'un analyste nutrition vérifie d'abord — En R

    cmam |>
      filter(!between(muac_admission_mm, 80, 220) |
             !between(weight_admission_kg, 2, 30) |
             (!is.na(height_cm) & !between(height_cm, 45, 125))) |>
      nrow()
  16. Diapositive 16 / 18

    Ce qu'un analyste nutrition vérifie d'abord

    L'anthropométrie est la seule partie des données de ce secteur où l'erreur de mesure est bien caractérisée et publiée. Servez-vous-en : elle dit quelle précision votre indicateur peut porter, et c'est la raison pour laquelle un écart de deux points entre deux enquêtes n'est en général rien.
  17. Diapositive 17 / 18

    La suite

    • Vous avez quatre mesures et savez à quoi sert chacune.
    Notes du présentateur
    Vous avez quatre mesures et savez à quoi sert chacune. La leçon suivante en transforme deux en la quantité sur laquelle repose toute prévalence de ce cours — un score z selon les normes OMS 2006, calculé à partir de la table de référence plutôt que lu dans une colonne de confiance.
  18. Diapositive 18 / 18

    La suite

    Lire la leçon complète, avec le code exécutable Retour à la leçon