Formation · Intermédiaire · Analyses sectorielles
Santé publique et épidémiologie appliquée
Incidence, prévalence, cascades et couverture pour les programmes VIH, tuberculose, paludisme et vaccination, ainsi que la courbe épidémique qu'il faudra peut-être tracer dans l'urgence.
Ce que vous saurez faire
- Distinguer un taux, un rapport et une proportion, et dire ce que les personnes-temps apportent qu'un dénominateur en effectifs ne peut pas
- Construire une cascade comme une suite de dénominateurs enchaînés et localiser l'étape où la plus grande part se perd
- Tracer une courbe épidémique à partir d'une liste linéaire, et dire ce que les dates de début manquantes font à son pic
- Calculer des taux d'attaque et une létalité avec leurs dénominateurs énoncés, au regard des seuils sur lesquels la réponse est jugée
- Standardiser deux districts sur l'âge et dire quelle part de leur différence apparente était de la structure
- Nommer les facteurs de confusion d'une comparaison sur données de routine, et énoncer franchement ce qu'un constat observationnel peut et ne peut pas affirmer
Normes et méthodologies
L’épidémiologie est la discipline des dénominateurs, et ce cours est le point où la consigne permanente de la plateforme — toujours énoncer comment un indicateur est calculé — rencontre des mesures qui ont des noms et des seuils publiés.
Il s’exécute sur deux registres. La liste linéaire du choléra compte 975 cas enregistrés un par un sur seize semaines, livrée avec la population dont ils proviennent, et c’est le seul jeu de données d’ici qui soutienne à la fois une courbe épidémique, un taux d’attaque et une létalité. L’extraction vaccinale a servi dans six cours antérieurs et celui-ci l’achève — la couverture de trois façons, et l’abandon entre doses qui dit si les enfants qui commencent un calendrier le terminent.
Trois résultats donnent sa forme au cours, tous calculés sur ces fichiers.
La structure par âge fait la moitié de l’écart entre le pire et le meilleur district. Les taux d’attaque bruts du choléra valent 7,94 et 5,51 pour 1 000. Standardisés sur une population commune ils valent 7,25 et 5,95, si bien que l’écart passe de 2,43 à 1,30. La moitié de la différence apparente tenait à qui habite là, non à ce qui leur est arrivé.
La létalité vaut 3,90 % contre une cible de 1 %, et 6,30 % dans un district contre 2,00 % dans un autre. Le prédicteur dans ces données est le délai entre début des symptômes et admission, ce qui est une question de service et non de clinique.
La courbe épidémique n’est pas l’épidémie. Quarante-sept cas n’ont pas de date de début, et le registre d’un district est rempli après coup depuis le cahier d’admission, si bien que sa courbe est en réalité une courbe d’admissions décalée vers la droite.
Python et R tout du long. Vous devriez avoir suivi le module 3 — ce cours suppose que vous savez défendre un dénominateur, mettre un intervalle sur une proportion, et lire un chiffre de routine à travers son taux de rapportage.
Mise en pratique
Lire les leçons ne remplace pas la pratique. Chacun de ces travaux applique la formation à un jeu de données sur lequel elle n'a pas été enseignée.
- Atelier · 150 minLe taux que l'effectif cachaitTransformez un registre de traitement en cohorte, comptez des personnes-jours plutôt que des enfants, et voyez trois sites partageant la même proportion d'abandons se séparer une fois pris en compte le temps pendant lequel chacun a suivi ses enfants.
- Exercice · 75 minQuarante-sept cas sans date de débutLa courbe épidémique est attendue à seize heures. Quarante-sept des 975 cas n'ont pas de date de début et ils ne sont pas répartis uniformément. Tracez la courbe de trois façons, dites laquelle vous enverriez, et ce que les dates manquantes peuvent encore cacher.
Progression
Emporter hors ligne
L'intégralité de la formation en PDF composé — chaque leçon, chaque exemple de code, le dictionnaire des variables et les définitions d'indicateurs. Produit à partir de la même source que cette page.
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